В фильме "Матрица 3" армия Машин готовится уничтожить Зион, но его жители стоят на защите. Нео должен найти способ завершить эту войну, пока жители Зиона отбивают атаку. Морфеус верит в Нео как в избранного в мире Матрицы, уверенный, что он найдет решение и победит в этой схватке, даже несмотря на постоянное присутствие Агентов, которые угрожают всему.